Kimyasal bileşimleri aynı (CaCO3) ancak kristal sistemleri birbirinden farklı olan kalsit ve aragonitten meydana gelen kalker bütün jeolojik zamanlarda oluşumlarına rastlanır. Kalker tabiatta birçok biçimde oluşuklarına rastlanan bir kayaçtır. Bu kayaç, klastik tortul, kimyasal tortul ve organik tortul kayaç sınıflamaları içerisinde farklı özellikleriyle yer alır.
Klastik tortul kalker terrijen kökenli olup daha önce fiziksel ayrışmaya uğrayan kalkerlerin ufalanıp dağılması ve bunların dış etkenlerle taşınıp birikim sahalarında depolanmasıyla meydana gelen bir kayaçtır. Bu kayaç çakıl, kum ya da kil boyutunda dağınık olabileceği gibi konglomera gibi yapışık klastik tortul da olabilir. Klastik kalker geçirimli ve diyaklazlı bir yapı özelliği gösterir.
Kimyasal kökenli kalker, özellikle karbonik asitli sularla kalkerin reaksiyona girmesi sonucu oluşur. Kalkerin çözünmesinde suyun sıcaklığı önemlidir. Soğuk su, sıcak suya göre daha çok CO2 içerir. Su içerisindeki karbondioksit ise kalkerin çözünme sürecini hızlandırır. Suda kimyasal etkilerle çözünen kalker uygun koşullarda çökelir. Böylece kimyasal tortul kayaçlar meydana gelir. Travertenler, sarkıt, dikit, kalker tüfü ve kalker konkresyonları kimyasal kökenli kalkerlere örnektir.
Organik kökenli kalker, kalsit ya da aragonit kavkılı canlıların ölmesiyle bıraktıkları iskelet ve kabukların yığılması sonra da doğal çimentoyla birleşmesi sonucu ya da alg, bakteri ve su yosunu gibi organizmaların biyokimyasal faaliyetleri ile meydana gelir. Organik kalker oluşumunda içerisine hangi canlı karıştıysa onun adıyla anılır. Lümaşel kalkeri, nümülitli kalker, rüdistli kalker, antrok kalkeri, glokonili kalker organik kökenli kalkere örnektir.
Kalkerler çoğu zaman denizlerde çökelir. Kalker oluşumuna mercan, yumuşakça, denizlalesi, deniz yosunu ve bazı tek hücreli canlılar katkı sağlamaktadır. Bu canlılar kalkeri oluşturan minerallerin bir araya toplanmasında ve çökelmesinde etkilidir. Bu nedenle kalker genelde organizmaların biyolojik faaliyetleri ile meydana gelir ve denizel kökenli bir kayaçtır. Denizel orijinli bir kayaç olması yüzünden içerisinde denizlerde yaşayan organizmaların fosilleri bulunur.
Saf kalkerin kimyasal bileşiminde yaklaşık % 55 kalsiyum oksit (CaO) ve yaklaşık % 45 karbondioksit (CO2) bulunur. Kalker asite karşı reaksiyon gösteren bir kayaçtır. Hidroklorik (HCI) asit, kayaç üzerine döküldüğünde kalsiyum karbonattan karbondioksit hemen ayrılır ve geride kayaç üzerinde köpürmüş bir tortu bırakır. Kalker tabiatta her zaman saf özelliğiyle bulunmaz ve değişik mineralleri bünyesine alabilir. Kireçtaşı, saf olduğunda rengi beyazdır. Ancak içerisine giren maddelere göre rengi değişir. Kalker, yeryüzünde yaygın bir kayaçtır. Bu nedenle karst jeomorfolojisinde de en çok tanınan kayaçtır.
